中國科學院海洋研究所發(fā)表深海冷泉尾腔綱貝類高質量染色體水平基因組
近日，中國科學院海洋研究所在深海冷泉貝類尾腔綱生物基因組學研究方面取得新進展，發(fā)表首個尾腔綱貝類高質量染色體水平參考基因組，相關研究成果在國際數(shù)據(jù)集期刊Scientific Data（Q1，IF5year=10.8）發(fā)表。成果發(fā)表后迅速引起了國內外廣泛關注。Nature?旗下生命科學研究論壇Nature Research Life Sciences Community?邀請撰寫研究背后的故事“Behind the Paper” (https://communities.springernature.com/posts/decoding-the-genome-of-a-cold-seep-aplacophoran-mollusc-chaetoderma-sp).
尾腔綱也被稱為毛皮貝，是軟體動物門中一支早期分化物種，多發(fā)現(xiàn)于深海，是目前研究較少的貝類之一。尾腔綱生物演化地位特殊，且具有顯著不同于常見貝類的形態(tài)特征，身體呈細長的蠕蟲狀，體表無殼，覆蓋有角質層和細小的骨針。但是由于基因組數(shù)據(jù)的缺乏，研究人員對尾腔綱貝類分子演化及其特殊環(huán)境適應性所知甚少。研究人員于2020-2022年期間，在中國南海F冷泉和海馬冷泉采集到尾腔綱樣本，并基于線粒體基因組進行了初步物種鑒定。隨后，利用Illumina測序、 PacBio測序和Hi-C輔助基因組組裝技術，組裝得到尾腔綱生物高質量染色體水平基因組。尾腔綱生物基因組大小為2.45Gb，contig N50長度為1.06Mb, scaffold N50為141.46Mb, 掛載到17條染色體上，注釋到23,675個蛋白編碼基因。尾腔綱高質量染色體水平基因組的發(fā)布，對研究貝類殼的演化以及深海冷泉生物環(huán)境適應具有重要的意義。
尾腔綱染色體水平基因組特征
本項目由開放室張琳琳、深海中心王敏曉和分類室張均龍三個團隊共同合作完成，中國科學院海洋研究所開放室博士生王月、深海中心研究員王敏曉為論文第一作者，張琳琳研究員為論文通訊作者。本研究得到了青島海洋科學與技術試點國家實驗室山東省專項經費、中國科學院B類戰(zhàn)略先導科技專項、國家自然科學基金、中國科學院A類戰(zhàn)略先導科技專項等項目資助。?
【論文鏈接】Yue Wang#, Minxiao Wang#, Jie Li, Junlong Zhang, Linlin Zhang*. A chromosome-level genome assembly of a deep-sea symbiotic Aplacophora mollusc Chaetoderma sp. Scientific Data, 2024, 11:133. https://doi.org/10.1038/s41597-024-02940-x
來源：實驗海洋生物學重點實驗室
