復旦大學楊芃原團隊合作創建精準N糖蛋白質組學分析方法
近日，復旦大學生物醫學研究院和化學系教授楊芃原團隊、中國科學院計算技術研究所研究員賀思敏團隊以及國家蛋白質科學中心（上海）研究員黃超蘭團隊合作，發表了基于質譜的高通量糖基化肽段分析方法pGlyco2.0，為精準N糖蛋白質組學提供了新技術。9月5日，相關研究成果以《pGlyco2.0：基于綜合質控和一步質譜法的精準N糖蛋白質組學糖肽分析方法》（pGlyco 2.0enables precision N-glycoproteomics with comprehensive quality control and one-step mass spectrometry for intact glycopeptide identification）為題在《自然·通訊》（Nature Communications）上發表。楊芃原、賀思敏和黃超蘭為共同通訊作者。楊芃原為該文的Lead Contact。
糖基化是最復雜的蛋白后修飾之一。與其他蛋白后修飾相比，糖基化不但會產生宏觀不均一性（每個蛋白上可能有多個后修飾位點），更會產生海量的微觀不均一性（每個位點上可能有幾十甚至上百種不同的后修飾基團）。除此之外，糖鏈本身的離子化效率很低。這些因素的結合使得糖基化分析的通量和質量遠低于蛋白質組學的常規分析水平。
該研究通過深入研究和測試質譜條件，開發基于階梯能量的一步質譜采集法，提高了糖肽鑒定的通量和開發具有自主產權的pGlyco2.0糖肽檢索引擎，從糖鏈、肽段、糖肽三個層面對糖肽數據庫檢索進行精確質控，從而大幅提升了N糖蛋白質組學分析的通量和質量。
pGlyco2.0流程圖
基于重標技術的糖肽質控新方法
此外，該研究首次將重標元素應用于糖肽鑒定準確度分析，為該領域的質控分析提供了新的方法及標準。最后，該研究報道了目前最大的糖基化數據集：在1%的假陽性率下，該研究在小鼠的五個臟器中鑒定到了超過一萬條N糖肽。(封面制圖：尹逸柔)
